Eine Differenz zwischen übermittelten und ausgewerteten Fällen kann verschiedene Ursachen haben. So kann es zum Beispiel durch Fehlen von Begutachtungsunterlagen oder fehlerhafte Anonymisierung zu einem Ausschluss von Fällen aus dem Verfahren kommen. Darüber hinaus kann es im Rahmen der Begutachtung zu einer Ablehnung von Fällen durch Peers kommen. Auch kann eine Begutachtung ungültig sein (z.B. wenn ein Fall nicht eindeutig einer Fachabteilung zugeordnet werden kann). Eine weitere Ursache von fehlenden Begutachtungsfällen kann der Ausfall von Peers sein (dies kommt z. B. aufgrund von Krankheit oder personellem Wechsel im Laufe des Verfahrens zustande).

Im Peer Review werden mit Hilfe einer Checkliste sechs Prozessbereiche begutachtet (Anamnese, Diagnostik, Reha-Ziele, Reha-Verlauf und Reha-Ergebnis, Sozialmedizinische Leistungsbeurteilung und Epikrise, Weiterführende Maßnahmen und Nachsorge, Bewertung des gesamten Reha-Prozesses). Für jeden dieser Prozessbereiche werden verschiedene qualitätsrelevante Prozessmerkmale untersucht. Die Bewertung der Prozessbereiche ergibt sich aus der Zusammenschau der vorgenommenen Bewertungen der Prozessmerkmale. Die Bewertung erfolgt sowohl für die Prozessmerkmale als auch für die Prozessbereiche auf der Grundlage von Mängelkategorien („keine“, „leichte“, „deutliche“ und „gravierende“ Mängel) und für die Prozessbereiche zusätzlich durch die Vergabe von Bewertungspunkten auf einer Skala von 0 bis 10 („sehr schlecht“ bis „sehr gut“).